Asal nama Desa Margorejo berhubungan erat dengan perjuangan Adipati Bahurekso yang menyerang Batavia pada tahun 1629 M. Pada waktu itu Adipati Bahurekso mengutus seorang Abdi Dalem yaitu Tumenggung Kertiwongso untuk menjadi telik sandi ke Batavia. Singkat cerita Tumenggung Kertiwongso menemukan suatu karang yang kemudian ditanami pohon kemangi dan akhirnya tempat tersebut dijadikan paseban. Paseban tersebut dijadikan tempat persinggahan untuk mengatur siasat perang ke Batavia. Para tokoh yang berkumpul di paseban tersebut antara lain:

1. Adipati Bahurekso
2. Raden Mandurorejo
3. Pangeran Purboyo
4. Pangeran Jumeno
5. Pangeran Kadilangu
6. Tumenggung Rajekwesi
7. Tumenggung Kertiwongso dan Senopati lainnya

Pada waktu para tokoh berkumpul sambil menunggu Sultan Agung Hanyokrokusumo rawuh ke Paseban Kemangi untuk mengatur  strategi, maka para tokoh tersebut beristirahat. Sultan Agung berjalan-jalan menyusuri pantai dengan menaiki sampan, namun setelah sampai di suatu tempat yang merupakan tanah gisik, beliau berjalan melewati gisik tersebut. Karena gisik tersebut digunakan sebagai jalan (margo) dan yang melewati adalah seorang raja (rejo), maka tempat tersebut dinamakan “Margorejo” yang artinya Jalan Raja.

Sejarah pemerintahan Desa Margorejo mengalami dinamika pemerintahan desa dari periode ke periode. Adapun nama-nama Kepala Desa beserta perangkat desanya sebagai berikut:

1. Masa Pemerintahan Pertama (1938 - 1946)
   1. Kepala Desa : Soerani
   2. Carik : Karsin Widakdo
   3. Kapetengan : Sikas
   4. Kebayan             : Sarman
   5. Modin             : Salkun
   6. Ulu-ulu             : Djaslan
2. Masa Pemerintahan Ke-2 (1946 – 1965)
   1. Kepala Desa : Wirdjono RS
   2. Carik : Yusuf
   3. Kapetengan : Supardi
   4. Kebayan             : Imam Prayitno
   5. Modin             : Wadimo
   6. Ulu-ulu             :       -
3. Masa Pemerintahan Ke-3 (1965 – 1970)
   1. Kepala Desa : H. Su’udi
   2. Carik : Sukoyo
   3. Kapetengan : Kamdi
   4. Kebayan             : Somo
   5. Modin             : Busri
   6. Ulu-ulu             :     -
4. Masa Pemerintahan Ke-4 (1970 – 1988)
   1. Kepala Desa : H. Su’udi
   2. Carik : Sukoyo
   3. Kapetengan : Kamdi
   4. Kebayan             : Somo
   5. Modin             : Sapuan
   6. Ulu-ulu             : Faizun
5. Masa Pemerintahan Ke-5 (1988 – 1990)
   1. Kepala Desa : Ngarmo (PJ dari Kecamatan Cepiring)
   2. Carik : Sukoyo
   3. Kapetengan : Kamdi
   4. Kebayan             : Somo
   5. Modin             : Muchromin
   6. Ulu-ulu             : Faizun
6. Masa Pemerintahan Ke-6 (1990 – 1998)
   1. Kepala Desa : H. Fauzi
   2. Carik : Sukoyo
   3. Kapetengan : Kamdi
   4. Kebayan             : Somo
   5. Modin             : Muchromin
   6. Ulu-ulu             : Faizun
7. Masa Pemerintahan Ke-7 (1998 – 1999)
   1. Kepala Desa : Muchromin (PJ)
   2. pj Carik : Somo
   3. Kapetengan : Kamdi
   4. Kebayan             : Somo
   5. Modin             :     -
   6. Ulu-ulu             : Faizun
8. Masa Pemerintahan Ke-8 (1999 – 2008)
   1. Kepala Desa : M. Asrori (PJ)
   2. Carik : Fahrudin
   3. Bekel             : Susiyo
   4. Kebayan Tani : Sumartono
   5. Modin             : Muchromin
   6. Umum : Sunoto
9. Masa Pemerintahan Ke-9 (2008 – 2015)
   1. Kepala Desa : M. Asrori
   2. Carik : Fahrudin
   3. Bekel             : Susiyo
   4. Kebayan Tani : Sumartono
   5. Modin             : Muchromin
   6. Umum : Sunoto
10. Masa Pemerintahan Ke-10 (2015 – 2016)
    1. Kepala Desa : Fahrudin (PJ)
    2. Sekretaris Desa : Fahrudin
    3. Bekel : Susiyo
    4. Kebayan Tani : Sumartono
    5. Plh. Modin     : Masrokhan
    6. Umum : Sunoto
11. Masa Pemerintahan Ke-11 (2016 – 2022)
    1. Kepala Desa : Suyoto
    2. Sekretaris Desa : Septian Mahendra
    3. Kaur Umum/Perencanaan : Ani Noviasari
    4. Kaur Keuangan : Susiyo
    5. Kasi Kesejahteraan : Sumartono
    6. Kasi Pelayanan : Nanang Kurniawan
    7. Kasi Pemerintahan : Sunoto
    8. Staf : Masrokhan
12. Masa Pemerintahan Ke-12 (2023 – 2028)
    1. Kepala Desa : Suyoto
    2. Sekretaris Desa : Septian Mahendra
    3. Kaur Umum/Perencanaan : Ani Noviasari
    4. Kaur Keuangan : Susiyo
    5. Kasi Kesejahteraan : Sumartono
    6. Kasi Pelayanan : Nanang Kurniawan
    7. Kasi Pemerintahan : Sunoto
    8. Staf : Masrokhan
13.