Asal nama Desa Margorejo berhubungan erat dengan perjuangan Adipati Bahurekso yang menyerang Batavia pada tahun 1629 M. Pada waktu itu Adipati Bahurekso mengutus seorang Abdi Dalem yaitu Tumenggung Kertiwongso untuk menjadi telik sandi ke Batavia. Singkat cerita Tumenggung Kertiwongso menemukan suatu karang yang kemudian ditanami pohon kemangi dan akhirnya tempat tersebut dijadikan paseban. Paseban tersebut dijadikan tempat persinggahan untuk mengatur siasat perang ke Batavia. Para tokoh yang berkumpul di paseban tersebut antara lain:
Pada waktu para tokoh berkumpul sambil menunggu Sultan Agung Hanyokrokusumo rawuh ke Paseban Kemangi untuk mengatur strategi, maka para tokoh tersebut beristirahat. Sultan Agung berjalan-jalan menyusuri pantai dengan menaiki sampan, namun setelah sampai di suatu tempat yang merupakan tanah gisik, beliau berjalan melewati gisik tersebut. Karena gisik tersebut digunakan sebagai jalan (margo) dan yang melewati adalah seorang raja (rejo), maka tempat tersebut dinamakan “Margorejo” yang artinya Jalan Raja.
Sejarah pemerintahan Desa Margorejo mengalami dinamika pemerintahan desa dari periode ke periode. Adapun nama-nama Kepala Desa beserta perangkat desanya sebagai berikut: